基因注释文件批量提取数据 ncbi怎么通过基因序列比对?

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基因注释文件批量提取数据

ncbi怎么通过基因序列比对?

ncbi怎么通过基因序列比对?

以下是NCBI进行序列比对,查找相关序列注释的基础用法,
1.打开NCBI网站:National Center for Biotechnology Information
2.点击popular resources的BLAST工具,进入工具主页面。
3.根据自己要进行比对的序列的类型,选择适合的blast。
4.点击blast后,在转跳页面等待一分钟左右,直到弹出信息页面。
5.点击这条序列的accession,即可转跳到genbank中查看这条序列的注释信息。
6.点击这里这条基因的链接,会转跳到gene数据库页面,看到更多的信息。
7.下载这条序列的fasta格式。

gff3格式文件用什么软件打开?

什么是GFF3这个一种序列注释文件的格式,基因组注释数据常常会用这种格式来记录序列注释信息。
把GFF3文件导入MySQL数据库,导入了以后使用比较方便。(网转)

基因集富集分析的目的?

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。
人与人之间的基因序列相似度高达99%以上。这些细微的差别,导致了我们长得不同,性格也不同。那么怎么更好的理解这些不同呢?可以按照功能、通路等性质将基因做划分,这也是基因富集分析的重要作用之一。

想自学生物信息学专业的课程,有什么好的建议和指导吗?

我是物理专业,在 Java 培训班学了半年,在一家 IT公司做联通的经营分析系统半年,后来去了华大做生物信息。
华大当时的新员工是 3 个人一个模块,配一个老员工带,而且我计算机基础还不错,但一个基因注释当时就研究了三个月。
现在做生物信息八年了,回想起来,要学习的东西是在是太多,如果是完全自己看书、查资料学习,可能是坚持不下来的。
记得大二的以后,我尝试自学 Linux,学了1个多月,还是恍恍惚惚。
一门编程语言在学校里,至少要学一个学期,培训班要学三个月,如果完全自学,而且没有学过编程的话,可能半年才能进入状态。
个人建议,如果周围没有做生信的人,最好能去公司实习或者报培训班(有条件的话,可以先报一个编程的培训班
实习公司其实很好找,测序行业小公司很多,都缺人,很好进的,最主要的是你得有时间,至少三个月以上,不然没人愿意培养你
培训班,有条件的可以先报一个 python 培训班,对计算机有个系统的了解,然后再报生物信息培训班
生物信息是一个专业,一个职业,不是一个技能,需要至少一年时间才能算入门
评论有人问,为什么会从计算机转生信,回答一下
我转生信那年是 10年,那会的计算机行业是个什么状况呢?
这么说吧,我找的第一份实习工作是做手机游戏的,用的语言是Java,准确说叫 J2ME,主要是给诺基亚的塞班系统做。那会大多数游戏都只有不到 1M。游戏体验也很差,我对这个行业感到绝望,做了两周,就借口禽流感学校不让出去,没再去了。
不过当时 Google 已经收购了一个公司,开发出了android,觉得这个东西有戏,就在宿舍自学,当时前景不明朗,很多人不看好。第一款 android 手机还没有上市,只能在模拟器里练习;3G 还没有普及,自费超贵;虽然 iphone 已经上市2年了,穷学生还没有见过;几乎找不到中文教程。后来也不知道怎么回事就放弃了。
总结一下就是,09年10年的IT行业,还没有迎来移动互联网时代,或者已经要来了,自己没有看到。
不过,在很多人都不看好生物专业的今天,基因测序、基因编辑等技术的产业化,也许生物行业的春天也来了呢?